ブレーキ時にブレーキペダルが上下しませんか？ブレーキをかけると当然ディスクローターが発熱します。その熱によってディスクローターが変形する事があります。その歪みがブレーキペダルに伝わるのが原因です。歪みは研磨によって解消されます。

塩カル等によってディスクローターが腐食しているかも？塩カル等によってディスクローターが腐食しているとブレーキパッドの当たる面積が小さくなり、ブレーキ力が小さくなったり、パッド自体が偏摩耗してパッドの寿命が短くなります。ブレーキパッド交換時にはディスクローターの研磨をお勧めします。

ブレーキディスクは新品にするより研磨をお勧めします。
新品にするより、安い上に変形したローターなら一度変形しているので
歪む率は新品よより少ないはずです。